汉武帝对中华法系最大的影响，是采纳名儒董仲舒的建议，确立了大一统政治法律模式。董仲舒，(前179-前104)，广川人，汉代公羊学大师，今文经学派创始人，是孔孟之后的又一位儒家大师。董仲舒被汉儒尊称为纯儒，但实际上他的学说并不同于先秦之儒，他对孔子之修正甚多，其中最大的变化，是建立了以天人感应论为形式的儒家神权体系， 这是对树状等级体系的巩固。董仲舒还正式提出君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲的三纲学说，将社会中的所有关系（夫妻关系、父子关系、君臣关系、君民关系乃至人类与自然的关系）精确的概括成一个基本模式。这个模式包含两个要点，一个是臣事君，子事父，妻事夫，卑者对尊者要服从，另一个是为政以德，尊者对卑者要爱护。这样，整个社会的权力从神权开始，平和而均匀的经过君、臣、父流向普通社会成员（子、妻），使整个社会秩序达到最大。为了实现这个模式，董仲舒又提出大一统的口号。除了形上世界的大一统，重新树立了儒家的神权体系之外，大一统还包括思想领域的大一统，罢黜百家、独尊儒术和政权结构的大一统，将汉初封建赋予诸侯国的政治权利收归中央，重新建立统一的君权，确立皇帝普天之下、惟我独尊的地位。
从董仲舒开始，儒家精神开始了孜孜不倦的对法典的浸润侵蚀，一点一滴的修改法典中不符合儒家伦理的部分。这是因为西汉初期，汉律的制定是在秦朝法制的基础上完成的。它主要的法律制度基本上仍然是法家思想的产物。到了西汉中期，儒家思想确立了官方正统地位；但是儒家思想不能影响到已经制定的法律。所以只能通过春秋决狱的司法途径，把儒家的春秋经义渗透到法律中去。用司法来改变以制定的法律，实现法律的儒家化。在董仲舒提出了理想目标后，将这个目标落到实处，也就是完成法典的儒家化，又经过了几百年的时间。春秋决狱，又称引经决狱、经义断狱，是汉代中期兴起的一种审判方法，是审判官引用儒家经典尤其是《春秋》的记载作为依据以审理案件的做法。它为汉代统治者提倡，是汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”后法律儒家化的必然产物。春秋决狱最重要的原则，董仲舒概括为原心定罪，所谓春秋之听狱也，必本其事而原其志，首恶者罪特重，志邪者不待成，本直者论其轻，重在考察犯罪分子的主观方面，即以犯罪者的主观动机是否符合儒家“忠、孝”的精神定罪，若符合，即使行为构成社会危害，也可以减免刑罚。反之，犯罪人主观动机若严重违反儒家“忠、孝”之精神，即使没有社会危害后果的，也要认定为犯罪，并予以严惩。
春秋决狱的实质在于修正法典中不符合儒家精神的条文，这是儒家在先王之法不可变的限制下想出的办法，其奥妙在于用经义来架空法条，用圣人之言来化解先王之法，达到曲线变法的目的。春秋决狱在中国法制史上影响很大，一代又一代的法官引用儒家经典，一点一滴的纠正法典中的不符合儒家精神的条文，把刚猛酷烈的法家法典转化成温文尔雅的儒家法典。从时间上讲，春秋决狱在两汉极盛一时，魏晋遗风犹存，例如北魏太平真君六年（445年），史书中仍然有以有司断法不平，诏诸疑狱皆付中书，依古经义论决之的记录。直到一准乎礼的唐律诞生，法律和儒家伦理完美的结合在一起，春秋决狱才失去了存在的必要性，逐渐淡出了历史舞台。春秋决狱是伴随汉代统治思想发生转变而出现的特殊现象，它既反映了儒家思想向法律的渗透，也表现了儒家思想在维护等级秩序方面对法律的补充。
自从汉武帝采纳董仲舒建议，罢黜百家，独尊儒术之后，儒家学说成为帝国的正统思想，也成为各级官僚必须掌握的知识。儒家对法家法典的修正是全方位的，如果把春秋决狱看作是从罪的角度对法家严法的修正，那么从汉文帝开始的废肉刑运动则是刑的方面的修正。肉刑包括包括黥、【鼻刂】、刖、宫四种以伤害身体机能的一部分为惩罚的刑罚，肇源于商周时期，体现了原始法律的野蛮和残酷。秦代尚法，肉刑公然是法定刑之一，汉代标榜反暴秦之酷法，把改革刑制作为德政一个方面。高后时曾缩小族刑的范围，废除具五刑，已经是减轻刑罚的开始，但是对刑罚体系作真正重大的修改的，是汉文帝刘恒。
除了春秋决狱和废肉刑，汉律还有一些从儒家伦理处罚调整现有刑法律做法，比较突出的是上请原则、恤刑原则和亲属相隐制度原则。
上请原则，即贵族官僚有罪先请，即某些官僚贵族犯罪后，一般司法机关不得擅自处理，须奏请皇帝，根据其与皇帝的亲疏远近、官职高低、功劳大小，决定刑罚的适用及减免。汉朝法律受儒家思想影响，一反法家“刑无等级”的传统，将西周“刑不上大夫”的司法特权正式法律化，确立了先请的刑罚原则。高祖七年，令、郎中有耐罪以上，请之。这是上请制度的开始。
尊老怜幼原则，即恤刑原则是指对老弱病残孕犯罪给予减刑免刑的待遇，这些人社会危害性不大，不一定非要用刑罚制裁，对他们的轻判，还可以博得轻刑的好名声。
亲亲得相首匿原则，是指亲属之间可以相互首谋隐匿犯罪行为。源于孔子“父为子隐，子为父隐，直在其中”的儒家思想。亲属中的卑幼隐匿尊长的犯罪行为，不负刑事责任；而尊长隐匿卑幼的犯罪行为，一般不负刑事责任，死刑案件则上请廷尉决定。这个原则一直为后世各王朝所沿用。孔子就主张父为子隐，子为父隐，董仲舒根据《春秋》之意，为亲亲首匿大造舆论，到宣帝时，正式规定子首匿父母，妻匿夫，孙匿大父母，皆勿坐，免得这些人忠孝不能两全，尽孝道时反而处于违反法律的境地。对父母匿子，夫匿妻，大父母匿孙，罪殊死，皆上请廷尉以闻，这些人虽然不是必须对尊亲尽义务，但是也要考虑人伦之情，因此对他们的首匿罪减轻处罚。这是儒家伦理在法律领域的重要体现，当忠和孝两个原则相冲突的时候，肯定孝优先，因为家族制度是这个社会最根本的制度，君权是建立在父权基础上的。
在儒家思想的影响下，汉代的父权和夫权有了比较大的发展，尤其是东汉中后期风俗之淳厚，被誉为夏商周三代以降的一个高潮。
汉代的父权之发达，体现为尊亲法律地位的强化和家族规模的扩大。对殴打尊亲属的行为，秦代不过是耐为鬼薪的徒刑，而汉代则一律死刑；不孝也变成了罪名，子告父等行为一旦归到不孝的名下，也都一律弃市。秦代强制分家的法律早已经被废除，
与大家庭和父权相适应的是夫权的发达，汉代是典型的一夫一妻多妾制，贵族官僚妾侍动辄百数。秦代相对平等的夫妻关系也变得严重不均衡。秦代男子通奸有罪，当场抓住奸夫杀死者勿论；丈夫殴伤妻子，处以耐刑，这些规定汉律中都不见了，代之以夫为妻纲，夫有恶行，妻不得去……地无去天之义。
儒家思想的一个突出特点是主张德主刑辅，即把刑法作为维护儒家道德的工具，汉代统治者也正是把它作为其立法的指导思想的。
综上，儒家思想对汉代的刑法原则与司法有着直接、重大的影响。